Vanaf toen waren er geen onverwachte overstromingen meer, geen springtij of té hoge golven, maar ook geen zoutwatervisserij en de daarbij behorende beroepen als zeilmaker en scheepsbouwer. De cultuur van de Zuiderzee zou langzaam verdwijnen.
Cultuurbehoud van het Zuiderzeegebied
Al in diezelfde jaren 30 ontstonden de eerste ideeën om deze cultuur, de geschiedenis, de klederdrachten, zeden en gewoonten van de bewoners van het Zuiderzeegebied, in een museum te behouden. Nog voor de oplevering van de Afsluitdijk, organiseerde men in Enkhuizen een Zuiderzee-Visserij-Tentoonstelling. Hierover schreef de Leeuwarder Courant:
De massale, machtige dijk [Afsluitdijk, red], welke de grenslijn zal vormen van Nederland’s twaalfde provincie, maar ook het sluitstuk zal vormen van de aloude historie van een stoer geslacht, dat weldra verspreid en verstrooid zal worden, medegevoerd in den jachtige stroom van het moderne leven. Alles, wat aan het verleden herinnert, alles wat verband houdt met de geschiedenis van de oude Zuiderzee, hare omwoners en de eilanders, zal men op de tentoonstelling kunnen bewonderen. Een visschersdorp met een Urker, Marker, Hindelooper. Volendammer en Spakenburger huisje en de bewoners, origineele typen van de eilanden en de Zuiderzeevisschersplaatsen, zullen er te zien zijn.
Binnen- en buitenmuseum
In 1948 werd het Zuiderzeemuseum opgericht om de de visserijcultuur rond de voormalige Zuiderzee vast te leggen. De vereniging Vrienden van het Zuiderzeemuseum, opgericht in 1947, zorgde ervoor dat de realisatie van het Zuiderzeemuseum concrete vormen aannam. Het idee? Een binnen- en buitenmuseum waar alles rondom de geschiedenis van de Zuiderzee, dus vóór 1932, werd verzameld. Van objecten en verhalen tot heuse gebouwen. In 1948 opende het binnenmuseum zijn deuren. Het bestond uit het monumentale Peperhuis en vijf aangrenzende gebouwen. Het zou echter nog tot 6 mei 1983 duren voordat het buitenmuseum voor het publiek werd geopend.
Water, ambacht en gemeenschappen
Tegenwoordig richt het Zuiderzeemuseum zich op de geschiedenis, actualiteit en toekomst van het Zuiderzeegebied. Centraal hierin staan de thema’s water, ambacht en gemeenschappen. Een aantal presentaties biedt een moderne interpretatie van traditionele technieken, materialen en thema’s, zoals het touwproject van de Nederlandse kunstenares en ontwerpster Christien Meindertsma.